Abstract
Influenza viruses known to cause widespread morbidity and mortality, and distributed throughout several parts of the world, producing a serious public health threat, and may result in a pandemic. The antimicrobial peptides known to have broad spectrum activity and considered a promising agents in microbial inhibition and killing. So that this study was done to find the probable scope of anti-influenza activity of short peptide FV16 (KKVGTSKVVAKTVTKK) a sixteen amino acids short peptide inspired from the bacteria F. velutipes. Hex 8.0.0 software was used to find the probable binding positions and binding strength of FV16 with particular viral targets. This study was resulted in a high degree of binding strength of FV16 with the most studied influenza targets in comparison with the binding strength of other approved anti-influenza drugs (amantadine, oseltamivir and zanamivir), the influenza drug targets were neuraminidase, hemagglutinin, M1 and M2 proteins. Furthermore, FV16 binding positions on each particular viral targets derived from particular strain have its own unique position, this may give it the property of multi-strain binding agent to expand its spectrum against influenza virus strains. In conclusion, FV16 may have the potential to be an anti-influenza agent, and may bind to future generated strains. Future in vitro studies needed to prove this hypothesis.
Keywords
Antiviral peptide
Hemagglutinin
Influenza virus
Molecular docking
Nuraminidase
Abstract
يعد فايروس الانفلونزا من الجراثيم المنتشرة بشكل واسع ويسبب الكثير من الاصابات وقد تقود الاصابة ببعض السلالات
الى الوفاة. و ان هذا الفايروس يتوزع في مناطق مختلفة من العالم مسببا خطر اً كبيراً على الصحة العامة وقد يصل الى
حدوث الاوبئة المجتاحة. ان الببتيدات المضادة للجراثيم معروفة بكونها ذات مدى فعالية واسع وتعد عوامل واعدة في
تثبيط وقتل الاحياء المجهرية .لذلك تم اجراء هذه الدراسة لإيجاد المدى المحتمل للارتباط بفايروس الإنفلونزا للبتيد القصير
FV16 (KKVGTSKVVAKTVTKK) المتكون من 61 حامض اميني والمستل من بكتريا F. velutipes . تم
استخدام برنامج Hex 8.0.0 لإيجاد مواضع الارتباط المحتملة لبعض الاهداف الدوائية في فايروس الانفلونزا مع هذا
الببتيد وكذلك شدة الارتباط بينهما. نتج عن هذه الدراسة اكتشاف شدة ارتباط عالية بين ببتيد FV16 مع اغلب الاهداف
الدوائية المدروسة, وشدة ارتباط هذه الاهداف الدوائية مع ببتيد FV16 كانت اعلى من ما هو حاصل فيما بين الاهداف
الدوائية وبعض الادوية المقرة دوليا ضد فايروس الانفلونزا. وتتضمن هذه الاهداف الدوائيةكلاً من neuraminidase و hemagglutinin و بروتينا M1 و M2 . فضلا عن ذلك فان مواضع ارتباط ببتيد FV16 مع كل هدف معين مأخوذة من
سلالات مختلفة تتباين حسب السلالة الفايروسية المدروسة , و هذه الصفة قد تعطي ببتيد FV16 صفة القدرة على الارتباط
بالسلالات المختلفة اي توسع الطيف في امكانية الارتباط بالإنفلونزا. ان نتائج الدراسة الحالية تدعو للاستنتاج ان ببتيد
FV16 قد تكون له الامكانية لان يكون عامل مضاد للإنفلونزا , وقد يعمل ايضا على السلالات المتولدة مستقبلا, وهنالك
حاجة للعديد من الدراسات المختبرية الاخرى لإثبات هذه النظرية.
الى الوفاة. و ان هذا الفايروس يتوزع في مناطق مختلفة من العالم مسببا خطر اً كبيراً على الصحة العامة وقد يصل الى
حدوث الاوبئة المجتاحة. ان الببتيدات المضادة للجراثيم معروفة بكونها ذات مدى فعالية واسع وتعد عوامل واعدة في
تثبيط وقتل الاحياء المجهرية .لذلك تم اجراء هذه الدراسة لإيجاد المدى المحتمل للارتباط بفايروس الإنفلونزا للبتيد القصير
FV16 (KKVGTSKVVAKTVTKK) المتكون من 61 حامض اميني والمستل من بكتريا F. velutipes . تم
استخدام برنامج Hex 8.0.0 لإيجاد مواضع الارتباط المحتملة لبعض الاهداف الدوائية في فايروس الانفلونزا مع هذا
الببتيد وكذلك شدة الارتباط بينهما. نتج عن هذه الدراسة اكتشاف شدة ارتباط عالية بين ببتيد FV16 مع اغلب الاهداف
الدوائية المدروسة, وشدة ارتباط هذه الاهداف الدوائية مع ببتيد FV16 كانت اعلى من ما هو حاصل فيما بين الاهداف
الدوائية وبعض الادوية المقرة دوليا ضد فايروس الانفلونزا. وتتضمن هذه الاهداف الدوائيةكلاً من neuraminidase و hemagglutinin و بروتينا M1 و M2 . فضلا عن ذلك فان مواضع ارتباط ببتيد FV16 مع كل هدف معين مأخوذة من
سلالات مختلفة تتباين حسب السلالة الفايروسية المدروسة , و هذه الصفة قد تعطي ببتيد FV16 صفة القدرة على الارتباط
بالسلالات المختلفة اي توسع الطيف في امكانية الارتباط بالإنفلونزا. ان نتائج الدراسة الحالية تدعو للاستنتاج ان ببتيد
FV16 قد تكون له الامكانية لان يكون عامل مضاد للإنفلونزا , وقد يعمل ايضا على السلالات المتولدة مستقبلا, وهنالك
حاجة للعديد من الدراسات المختبرية الاخرى لإثبات هذه النظرية.
Keywords
الببتيدات المضادة للفايروسات
التكامل الجزيئي
فايروس الانفلونزا
نيورامنيديز
هيماكلوتينين