Abstract
Objective : Coronary artery disease is increasing and accounts for a high proportion among others diseases. In Iraq various studies have been reported that the polymorphism of vitamin D receptor VDR-Fok I gene like rs 2228570 are associated with CAD patients.
Aim: This study was aimed to investi¬gate the association between the SNP of VDR Fok I (rs2228570) gene with various anthropometric and biochemical parameters as a risk for CAD in Iraqi population.
Methods and Materials : The current case - control study consisted of 300 samples , 150 of them were obtained from CAD patients who underwent the angiography department – heart centre – Al-Hussein Teaching Hospital, Al-Hussein Medical City / Holy Kerbala - Iraq and another 150 healthy control samples. Phenotypic data included body mass index (BMI), levels of fasting blood sugar (FBS), lipid profile, and blood urea, serum creatinine. Genotyping of rs2228570 polymorphism was carried out by PCR–RFLP method. DNA was extracted from genomic whole blood and genotyping was achieved with specific primers to amplify fragments for digestion with restriction enzymes. The enzyme Fok I was used for the digestion of VDR gene product followed by electrophoresis on agarose gel. Various statistical analyses were applied to analyse the data.
Result: Digestion of VDR – Fok I gene product (PCR-product ) exhibited an amplicon size of 273 bp, when this amplicon digested with Fok I enzyme, it gives three genotypes indicated one (273bp), two (75 bp + 198 bp) and three (75 bp + 198 bp + 273 bp ) bands for those with wild type (TT), homozygous (CC) and heterozygous (TC) genotypes respectively. Genotype frequencies of rs2228570 polymorphism were found to be consistent with Hardy–Weinberg equilibrium with allele frequencies of TT wild genotype (33.3%), TC heterozygous genotype (46.7%), and CC homozygous genotype (20%) in cases of CAD group while 66.7%, 30 % and 3.3 % for wild, heterozygous, and homozygous in the control group respectively. The homozygous genotype (CC) was significantly (OR= 7.25, CI 2.74-19.20 , P<0.001 ) increased the risk of CAD seven and quarter folds with respect to those of the wild type (TT) after adjustment for age, sex and BMI, while the TC genotype significantly (OR = 2.04, CI 95% ; 1.27-3.28 , P<0.001) raised the risk of CAD by two folds. Co-dominant genotypes of rs2228570 polymorphism exhibited significant association with anthropometric and biochemical parameters such as BMI, and lipid profile among patients groups as compared with control groups.
Conclusion: The obtained results improved that the gene polymorphism of VDR-Fok I was associated with high risk for development and progression of CAD and exhibited a significant association with increased BMI and lipid profile of coronary artery diseases of Iraqi population.
Aim: This study was aimed to investi¬gate the association between the SNP of VDR Fok I (rs2228570) gene with various anthropometric and biochemical parameters as a risk for CAD in Iraqi population.
Methods and Materials : The current case - control study consisted of 300 samples , 150 of them were obtained from CAD patients who underwent the angiography department – heart centre – Al-Hussein Teaching Hospital, Al-Hussein Medical City / Holy Kerbala - Iraq and another 150 healthy control samples. Phenotypic data included body mass index (BMI), levels of fasting blood sugar (FBS), lipid profile, and blood urea, serum creatinine. Genotyping of rs2228570 polymorphism was carried out by PCR–RFLP method. DNA was extracted from genomic whole blood and genotyping was achieved with specific primers to amplify fragments for digestion with restriction enzymes. The enzyme Fok I was used for the digestion of VDR gene product followed by electrophoresis on agarose gel. Various statistical analyses were applied to analyse the data.
Result: Digestion of VDR – Fok I gene product (PCR-product ) exhibited an amplicon size of 273 bp, when this amplicon digested with Fok I enzyme, it gives three genotypes indicated one (273bp), two (75 bp + 198 bp) and three (75 bp + 198 bp + 273 bp ) bands for those with wild type (TT), homozygous (CC) and heterozygous (TC) genotypes respectively. Genotype frequencies of rs2228570 polymorphism were found to be consistent with Hardy–Weinberg equilibrium with allele frequencies of TT wild genotype (33.3%), TC heterozygous genotype (46.7%), and CC homozygous genotype (20%) in cases of CAD group while 66.7%, 30 % and 3.3 % for wild, heterozygous, and homozygous in the control group respectively. The homozygous genotype (CC) was significantly (OR= 7.25, CI 2.74-19.20 , P<0.001 ) increased the risk of CAD seven and quarter folds with respect to those of the wild type (TT) after adjustment for age, sex and BMI, while the TC genotype significantly (OR = 2.04, CI 95% ; 1.27-3.28 , P<0.001) raised the risk of CAD by two folds. Co-dominant genotypes of rs2228570 polymorphism exhibited significant association with anthropometric and biochemical parameters such as BMI, and lipid profile among patients groups as compared with control groups.
Conclusion: The obtained results improved that the gene polymorphism of VDR-Fok I was associated with high risk for development and progression of CAD and exhibited a significant association with increased BMI and lipid profile of coronary artery diseases of Iraqi population.
Keywords
Coronary artery disease (CAD) ; vitamin D rec
Abstract
الهدف: مرض الشريان التاجي آخذ في الازدياد ويشكل نسبة عالية من بين أمراض أخرى. في العراق ، تم الإبلاغ عن العديد من الدراسات التي تشير إلى أن تعدد أشكال مستقبلات فيتامين (د) VDR-Fok I مثل Rs 2228570 مرتبطة بمرضى CAD.
الهدف: تهدف هذه الدراسة إلى استكشاف العلاقة بين الجين SNP لـ VDR Fok I (rs2228570) مع مختلف المقاييس البشرية والكيميائية الحيوية كخطر على CAD في سكان العراق.
الأساليب والمواد: تألفت دراسة الحالة الحالية - 300 عينة ، تم الحصول على 150 منهم من مرضى CAD الذين خضعوا لقسم الأوعية الدموية - مركز القلب - مستشفى الحسين التعليمي ، مدينة الحسين الطبية / كربلاء المقدسة - العراق وآخر 150 عينات مراقبة صحية. وشملت البيانات المظهرية مؤشر كتلة الجسم (BMI) ، ومستويات السكر في الدم الصيام (FBS) ، الملف الشخصي للدهون ، واليوريا في الدم ، والكرياتينين في الدم. تم إجراء التنميط الجيني لأشكال rs2228570 بواسطة طريقة PCR-RFLP. تم استخراج الحمض النووي من الدم الكامل الجينومي وتم تحقيق التنميط الجيني باستخدام الاشعال المحددة لتضخيم شظايا الهضم باستخدام انزيمات التقييد. تم استخدام إنزيم Fok I لهضم منتج الجين VDR متبوعًا بالكهربي على جل الاغاروز. تم تطبيق تحليلات إحصائية مختلفة لتحليل البيانات.
النتيجة: هضم منتج الجينات VDR - Fok I (منتج PCR) بحجم amplicon يبلغ 273 bp ، عندما يهضم هذا amplicon مع إنزيم Fok I ، فإنه يعطي ثلاثة أنماط جينية موضحة واحدة (273bp) ، اثنان (75 bp + 198 bp) وثلاثة (75 bp + 198 bp + 273 bp) للذين لديهم أنواع وراثية متجانسة من النوع البري (TT) ، متجانسة الزيجوت (CC) وغير المتجانسة (TC) على التوالي. تم العثور على ترددات النمط الجيني rs2228570 تعدد الأشكال لتكون متسقة مع توازن هاردي واينبرغ مع ترددات أليل من النمط الوراثي TT البرية (33.3 ٪) ، T وراثي متماثل الزيجوت الوراثي (46.7 ٪) ، و CC الوراثي متماثل الزيجوت (20 ٪) في حالات المجموعة CAD في حين أن 66.7 ٪ و 30٪ و 3.3٪ للحيوانات البرية وغير المتجانسة والمتجانسة في المجموعة الضابطة على التوالي. كان النمط الجيني المتماثل (CC) بشكل كبير (OR = 7.25 ، CI 2.74-19.20 ، P <0.001) زاد من خطر طيات CAD وربع الربع فيما يتعلق بتلك من النوع البري (TT) بعد التعديل للعمر والجنس ومؤشر كتلة الجسم ، في حين أن النمط الوراثي TC بشكل كبير (OR = 2.04 ، CI 95 ٪ ؛ 1.27-3.28 ، P <0.001) رفعت خطر CAD بمقدار الضعف. أظهرت الأنماط الوراثية السائدة في تعدد الأشكال rs2228570 ارتباطًا كبيرًا مع المعلمات القياسات البشرية والبيوكيميائية مثل مؤشر كتلة الجسم (BMI) وملف تعريف الدهون بين مجموعات المرضى مقارنة مع مجموعات التحكم.
الخلاصة: لقد تحسنت النتائج التي تم الحصول عليها من أن تعدد أشكال الجينات لـ VDR-Fok I كان مرتبطًا بمخاطر عالية لتطوير وتطور CAD ، وأظهر ارتباطًا مهمًا مع زيادة مؤشر كتلة الجسم والشكل الدهني لأمراض الشريان التاجي للسكان العراقيين.
الهدف: تهدف هذه الدراسة إلى استكشاف العلاقة بين الجين SNP لـ VDR Fok I (rs2228570) مع مختلف المقاييس البشرية والكيميائية الحيوية كخطر على CAD في سكان العراق.
الأساليب والمواد: تألفت دراسة الحالة الحالية - 300 عينة ، تم الحصول على 150 منهم من مرضى CAD الذين خضعوا لقسم الأوعية الدموية - مركز القلب - مستشفى الحسين التعليمي ، مدينة الحسين الطبية / كربلاء المقدسة - العراق وآخر 150 عينات مراقبة صحية. وشملت البيانات المظهرية مؤشر كتلة الجسم (BMI) ، ومستويات السكر في الدم الصيام (FBS) ، الملف الشخصي للدهون ، واليوريا في الدم ، والكرياتينين في الدم. تم إجراء التنميط الجيني لأشكال rs2228570 بواسطة طريقة PCR-RFLP. تم استخراج الحمض النووي من الدم الكامل الجينومي وتم تحقيق التنميط الجيني باستخدام الاشعال المحددة لتضخيم شظايا الهضم باستخدام انزيمات التقييد. تم استخدام إنزيم Fok I لهضم منتج الجين VDR متبوعًا بالكهربي على جل الاغاروز. تم تطبيق تحليلات إحصائية مختلفة لتحليل البيانات.
النتيجة: هضم منتج الجينات VDR - Fok I (منتج PCR) بحجم amplicon يبلغ 273 bp ، عندما يهضم هذا amplicon مع إنزيم Fok I ، فإنه يعطي ثلاثة أنماط جينية موضحة واحدة (273bp) ، اثنان (75 bp + 198 bp) وثلاثة (75 bp + 198 bp + 273 bp) للذين لديهم أنواع وراثية متجانسة من النوع البري (TT) ، متجانسة الزيجوت (CC) وغير المتجانسة (TC) على التوالي. تم العثور على ترددات النمط الجيني rs2228570 تعدد الأشكال لتكون متسقة مع توازن هاردي واينبرغ مع ترددات أليل من النمط الوراثي TT البرية (33.3 ٪) ، T وراثي متماثل الزيجوت الوراثي (46.7 ٪) ، و CC الوراثي متماثل الزيجوت (20 ٪) في حالات المجموعة CAD في حين أن 66.7 ٪ و 30٪ و 3.3٪ للحيوانات البرية وغير المتجانسة والمتجانسة في المجموعة الضابطة على التوالي. كان النمط الجيني المتماثل (CC) بشكل كبير (OR = 7.25 ، CI 2.74-19.20 ، P <0.001) زاد من خطر طيات CAD وربع الربع فيما يتعلق بتلك من النوع البري (TT) بعد التعديل للعمر والجنس ومؤشر كتلة الجسم ، في حين أن النمط الوراثي TC بشكل كبير (OR = 2.04 ، CI 95 ٪ ؛ 1.27-3.28 ، P <0.001) رفعت خطر CAD بمقدار الضعف. أظهرت الأنماط الوراثية السائدة في تعدد الأشكال rs2228570 ارتباطًا كبيرًا مع المعلمات القياسات البشرية والبيوكيميائية مثل مؤشر كتلة الجسم (BMI) وملف تعريف الدهون بين مجموعات المرضى مقارنة مع مجموعات التحكم.
الخلاصة: لقد تحسنت النتائج التي تم الحصول عليها من أن تعدد أشكال الجينات لـ VDR-Fok I كان مرتبطًا بمخاطر عالية لتطوير وتطور CAD ، وأظهر ارتباطًا مهمًا مع زيادة مؤشر كتلة الجسم والشكل الدهني لأمراض الشريان التاجي للسكان العراقيين.