Abstract
The aim of this research was to analyze ompA molecular gene of Pasteurella multocida buffalo isolate and bovine isolate from Nusa Tenggara Timur, Indonesia and Katha strain isolate from hemorrhagic septicemia vaccine. Determinant of P. multocida local isolates ompA gene amplification sequencing PCR then conducted to see the sequence of nucleotide sequences of ompA gene. The results of PCR amplification showed an amplicon of 559 bp of all isolates. The homology analysis result of the isolates ranged from 93 - 100% with 13 P. multocida isolates from GenBank, and phylogenetic tree analysis shows that buffalo isolate was closely related to Katha strain, Iran, India and China isolate. Whereas bovine isolate far enough with buffalo and Katha strain isolate. Nucleotide sequences were compared to amino acids then by the method of Kolaskar and Tongaonkar antigenicity predicted antigens in P. multocida. B cell epitope predictions from local isolates and Katha strain were found in five peptides QVSPVFAG, IPELALRVEYQ, GQSVYVPEVVSKT, LKSASVAVAG, and ANYLVAKG.
Keywords
Local Isolate
nucleotide
ompA gene
Pasteurella multocida
Abstract
الهدف من هذا البحث هو التحليل الجزيئي لجين ompA لجرثومة Pasteurella multocida المعزولة من الجاموس والابقار في نوسا تي نغارا تيمور، إندونيسيا وسلالة كاثا المعزولة من لقاح تسمم الدم النزفي. تم تضخيم العزلة المحلية لجرثومة P. multocida المحددة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل ثم أجري تسلسل القواعد النيتروجينية لجين ompA. وأظهرت نتائج التضخيم للقطعة المراد تضخيمها ودراستها بوزن جزيئي 559 زوج قاعدي في جميع العزلات. تراوحت نتائج تحليل التشابهه لتسلسل 13 عزلة من العزلات مع تسلسل العزلات المثبتة في بنك الجينات وبمدى 93- 100٪، وتحليل شجرة المظهرية الجينية لعزلات الجاموس كانت ذات علاقة وثيقة مع عزلات كاثا وإيران والهند والصين. في حين كانت عزلات الابقار بعيدة كل البعد عن عزلات الجاموس وكاثا. تم مقارنة تسلسل القواعد النيتروجينية النيوكليوتيدات مع الأحماض الأمينية ثم عن طريق طريقة كولاسكار وتونغونكار المستضدية المتوقعة في مستضدات P. multocida. تم العثور على تنبؤات الخلية B من العزل المحلية وسلالة كاثا في خمس الببتيدات QVSPVFAG، IPELALRVEYQ، GQSVYVPEVVSKT، LKSASVAVAG و ANYLVAKG.